2013年7月上旬，复旦大学学术委员会医学部召开专题会议，进行无记名投票，委员们一致认为与举报相关的三本学术专著插图内容“不属于抄袭”。
7月中旬，学术委员会还聘请了三名在沪院士作为校外专家对王正敏著作是否涉嫌抄袭进行鉴定。专家意见为：“在上述三本著作中，未能逐图标注原图出处和参考文献，说明作者王正敏教授和相关出版社在出版规范上还不够规范，应予指出。但不能认为这属于学术剽窃。”
7月下旬，中科院学部科学道德建设委员会派人到上海了解情况。
2013年10月，王正敏向中科院学部科学道德建设委员会作书面说明。
“我欢迎王正敏用自己的方式使用我的图片。我不会回复任何中国媒体。但如果复旦大学和中国科学院开展调查，那么我将一定支持王正敏。”王正敏的导师Fisch在得知发生在中国的这场学术纷争后这样表示。
据了解，在王宇澄举报王正敏后不久，Fisch就收到了不少国内媒体的邮件，向他求证王正敏使用他的图片是否得到他的认可，也有要求他发表看法的。眼耳鼻喉科的知情人士表示，Fisch曾在邮件中表示不会回复，因为“不愿意卷入这样的纷争，而这正是王宇澄试图在做的”。记者从复旦大学学术规范委员会了解到，Fisch教授已经给王正敏去信明确表态，“欢迎你用自己的方式使用我的图片”，并将在复旦大学和中科院的调查中给予王正敏“坚定的支持”。
关于三部专著中插图与王正敏导师、苏黎世大学教授Fisch专著的图片高度相似，一位医学界的学者告诉记者：“在医学学科中如以线条图描绘人体解剖及外科手术图解一般均大同小异，王正敏根据国外原著重新描画，这是当时国内其他主要著作采用的通常做法，当年出版社也习惯这种做法，对其学术不规范的认定必须慎重考虑我国著作权保护逐步完善的历史背景。同时，王正敏院士在序言和正文章节引言部分已多次说明插图出处，而且在自己论著中只列参考文献，未在书中引用他人作品处注明原作者名字，也是医学论著中较为常用的表达方式之一。”
即便是得到Fisch的支持，学术规范委员会仍然投票认定王正敏存在学术不规范行为，对此，周鲁卫解释称：“我们也经过了几轮讨论，最后认为，即使作者已经认可了，按照规范的做法，图片的使用仍需取得原书出版社的书面同意。”不过他也坦陈，现在中国完全这样做的不多，更不要说在1989年了，那时中国还没有加入世界版权公约，甚至连著作权法都没有诞生。
从2012年2月到2013年9月，漫长的调查曾经使不少人质疑调查过程是否公正。
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