1937年，北平沦陷。潘光旦抓紧做了四件事。其一，将近五六年来所作关于优生学的短篇文稿169篇编成《优生闲话》，约二十万言，并拟将之纳入其“人文生物学论丛”系列，列为第四辑，仍拟交商务印书馆出版。其二，将《笔记小说大观》中剪贴的资料分类编订为二十余册。其三，准备将《笔记小说大观》再度快速浏览，剪存有用的资料，经两次爬梳，不再保存该书，即使散佚亦无遗憾。但可惜的是，当年9月中旬必须离开北平南下时，他仅完成全套书500本的一小半部分。其四，关于科举人物的血缘关系研究课题，他研究“巍科人物之血缘研究”，又找到不少资料。

当年7月26日，潘光旦原准备离家南行的日子。考虑到万一时局变化如何处理，他交代妻子，如有变故，可率女儿逃难，只需带走他手录的一册书目留作纪念即可，而不必考虑其丰富的藏书。南行不成，潘光旦返家后的第三日，将祖先遗墨与家谱旧稿等装入一个箱子，在第一次进城时先送存城内报房胡同的寓所。又嘱仆人将全部藏书逐日装存，一星期才毕，共装28箱，拟护送至城里妥善收藏，再找机会南运。此时，他忆及明末屈大均送顾炎武诗，有“飘零且觅藏书洞，慷慨休听出塞歌”句，竟似对己吟咏一般！

从8月5日至月底，清华大学校务会四名成员潘光旦、沈履、冯友兰、吴有训，每天聚在一起，半天办公，晚上则在校长住宅与其他留校同人相见，一起读路透社消息，听无线电广播，“陷虏以后，犹不至沉闷抑郁以死者，赖有此耳。”

1946年，潘光旦重返清华。他战前存放城内的书籍命运如何？潘乃穆《回忆父亲潘光旦》文中说：“战前存放城内的三十箱图书、稿件等均已遗失，无踪可寻。其中有一部分藏书后来居然陆续从旧书摊上买回。”在旧书摊邂逅多年前自己失散的藏书，那感觉，如同破镜重圆吧。失而复得令人惊喜，也更令人倍加珍惜。

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